媒體報導兩岸貨品貿易協議談判僵局有解，我方將在農業問題上做出適度讓步，鬆綁原則為：台灣本地沒有生產需大量仰賴進口者且開放不影響台灣農民種植，還可換取具體利益者，並將以工業品所獲利益支援農業發展，而不是先前傳出的將開放320項「農產加工品及調製食品」（屬二級農業）進口。對於這樣的做法在國內也引來諸多爭議。
有學者認為在目前台灣已開放自中國進口1680多項農產品中，部分產品確實對台灣本地產農產品帶來市場競爭的壓力如：白蘿蔔、冷凍蔬菜（蘆筍、胡蘿蔔、花菜…）、紅棗、黑棗、紅茶、乾蔬菜（百合、玉米、金針）、辣椒及甜椒、四季豆等，由於兩岸農業規模、消費市場等過於懸殊，使得兩岸農產貿易天平極易傾斜，因此應該將所有自中國進口的農產品和830項尚禁止進口的農產品一倂納入檢討，全面考量兩岸農產品間的競爭優勢和替代效應，並禁止基改農產品的矇混通關，如此有開放也有重新管制才是正確做法。
也有政黨強調台灣與中國在農業資源秉賦、規模、生產成本、市場需求、風險承擔等條件上呈現極大的差異，何況中國政府對於其農產品出口也給予相當的補貼，扭曲國際市場的供需格局（當前全球農業補貼總規模近100億美元，而2014年全球農產品貿易總額為1.77兆億美元，補貼規模約占貿易總額的0.5%左右），美國曾向世界貿易組織投訴中國政府向包括紡織和農業在內的七個行業提供不公平的出口補貼。因此應給本土農業適度保護不能落入只追求「表面」公平的迷失。
更有農民團體質疑既然貨貿談判有給有取，為甚麼老是要農業犧牲。對於台灣方面究竟換到何種經濟利益，對於這些獲利者該如何挹注到受損害的農民身上，而不是由政府再拿民眾辛苦納稅的錢去成立「農產品受進口損害救助基金」來支付補貼暨穩定市場價格費用，這樣的做法並不符合公平正義原則。對此政府相關部門必須對外清楚說明並與農民及農民團體進行充分溝通而不是單向的政令宣導，更應避免黑箱作業。
政府對於人民不同聲音應該傾聽並耐心溝通尋求支持。事實上基於農業存在的必要性，每個國家均給予農業若干保護，即便號稱自由貿易度最高的TPP談判，日本政府農業開放程度也只有81％，且撤銷的時間最長達到20年左右，而中韓簽定之FTA，南韓也未開放中國大陸的稻米、牛肉和豬肉等農漁業產品進口；而貨貿並非單純經濟議題，它還涉及食安、外交、政治、國安等範疇，在中國不願意台灣一面倒向美日聯盟之際，我國官員應該順勢而為，以最小的付出爭取最大的利潤，不能抱有「台灣占盡便宜」的錯誤思維，畢竟成敗往往決定於對方的自以為占上風，台灣談判團隊請堅持立場別辜負人民的期待！
