愛滋病的「潛伏期」是指「感染愛滋病毒後，到發病的時間」。典型愛滋病的潛伏期，從感染到發展成為愛滋病患，快者半年至5年，慢者7年至10年或更久。如果使用藥物控制治療，可以延緩發病，延長潛伏期。
另外，愛滋病毒感染有一個需要注意的「空窗期」問題，「空窗期」指的是「感染愛滋病毒後，到可以被檢查出來的時間」。在得到愛滋病感染的初期，人體尚未產生抗體，可能檢驗不出來已經得到了愛滋病毒，這就是所謂的「空窗期」，空窗期時，感染者體內的愛滋病毒數量多，傳染力強，可能傳染愛滋病毒給其他的人。在愛滋病毒感染後，人體不會立即產生抗體，因此以一般的抗體檢測，大約要6-12週後才能被檢查出來，若以偵測愛滋病毒抗原之檢驗方式，如：1.以愛滋抗原/抗體複合型檢測 (HIV antibody and antigen combination assay)篩檢，並經中和試驗(Neutralization test, NT)確認、2.分子生物學核酸檢測 （Nucleic Acid Testing，NAT），可縮短空窗期，並提高愛滋病毒感染早期發現的機會。
