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普悠瑪號出事後，普悠瑪號當時的採購案及其監造、驗收的過程都被列入調查。台北地方檢察署以他字案偵辦，調查有無人為疏失。
常關注社會新聞的人應該對「他字案」、「偵字案」這兩個詞彙不陌生，但這是什麼意思呢？
兩者的差別源自調查實務與法理上的矛盾。因為案情常有不明朗的時候，若檢察官或警察沒有任何證據可指出某人確有嫌疑時，檢察官傳喚此人詢問依法理應以證人的身份出庭；然而，若以證人傳喚似乎又怪怪的，因為此時檢察官實質上將此人設定為被告，偏偏台灣法律不承認被告可以作為證人。為了解決這個矛盾，就發展出偵字案與他字案兩者。
所謂偵字案，檢察官已將某人定為被告，當被告出庭時，享有訴訟法上的所有權利，如緘默權；而檢察官於偵查終結後，一定要對外公佈結果是起訴、緩起訴或不起訴，並詳細說明理由。
所謂他字案，檢察官只是懷疑某人涉嫌，但未有任何證據做為支持，此時被懷疑者稱為關係人，而檢察官會進一步偵查他是否真的涉嫌，若有，他字案就會轉為偵字案；若一直沒有發現涉嫌證據，最後會以行政簽結的方式終結該案。以行政簽結結案無須對外公佈偵查結果與理由。
有人或許會問，那是否只要檢察官懷疑某人涉案，就能以他字案對人進行偵查？那是否會有濫權等擾民情形。確實，以他字案偵查後若未能證明被懷疑人有犯罪嫌疑，也僅須以行政簽結結案，無須向外界說明。
另外，若檢方以他字案對某人進行偵查，該人並非被告身份，因此沒有緘默權與辯護權。在他字案中，要以證人的身份出庭，而證人有「告知義務」。另外，雖然證人有「不自證己罪權」，可為己辯護，也能向在場的法定代理人行使諮詢權，但這些權利仍遠遠比不上被告身份者無須理由即可行使的緘默權。被懷疑人若要行使緘默權則需要理由。
雖然他字案是基於實務需求上發展出來的制度，或許是必要之惡，但因為一些可能侵害人權之處，它仍有違憲之虞。
