大選過後民進黨籍雲林縣長呼應蔡英文總統在選舉時所提的農業政見，要求推動對地補貼機制。在台灣提高農業補貼一度成為選舉時候選人爭取選票的必要手段，長期累積造成財政龐大負擔，假農民暴增，政府習慣用補助來因應農業遭遇的各項疑難雜症，未能從根本來調整農業業產結構與體質，許多農民也養成透過政治運作要求政府給予各類補貼，而不願努力提升其生產效能，才會在面對全球貿易自由化競爭，被迫開放國內市場、降低進口關稅時顯得憂心忡忡，如何讓農業補貼能真正有助於農業生產環境維護和整體競爭力提升，將考驗新政府的執政能力。
事實上全球重要農業生產國家都會對本國農業實施農（漁）業補貼，美國更是農業補貼大國 (農業每年平均得到政府直接補貼達164億美元，佔農場凈收入的24% )，主要集中在小麥、大豆、玉米、大麥、棉花，有助於提高大宗農產品的市場競爭力。由於補貼與農作物的面積和產量掛鉤，大農場主成為農業補貼政策的最大受益者。據美國農業部估計，目前大約30%的大農場獲得了大約70%的補貼。由於補貼政策提高了農產品的市場價格優勢，使美國農產品能在國際市場上以較低廉的價格獲得競爭優勢，卻也造成市場扭曲、資源的配置不合理、財政負擔、資源枯竭等缺失遭到國際批評，經多年折衝去年底召開的第十屆WTO部長級會議終於決議在2018年前全面取消農產品出口補貼。為此美國新農業法取消過去每年約45到50億美元的農業直接補貼，改擴大農業保險範圍與力度，來幫助農民承擔農業生產和經營風險。而歐盟則將過去實施多年的的農民直接補貼，改為著重在生態農業發展補貼，來保護生態環境和提高農產品品質。
台灣現行與世界貿易組織(WTO )規範相違背的農（漁）業補貼如：稻穀保價收購、肥料價差補貼、機材價格補貼、電費補貼、漁船用油補貼等，新政府想要順利加入FTA ，REC P，TPP就必須對過時和不當的農（漁）業政策、經費和農（漁）業補貼進行大幅度改革，不能再拖延。
而蔡英文團隊在選舉時提出將現行糧食保價收購政策，改成直接給付方式甚至提到對地補貼政策。問題是日本政府這些年雖然持續推動直接給付措施，但是在實際推動過程也遭遇到諸多困難，目前實施的是「日本型直接給付」屬多功能性直接給付包括：改善資源給付、坡地與山區農家的直接給付、環境友善農業直接給付等，而我國政府委託學術機構從事相關研究不在少數，理應做好配套規劃卻遲遲未能推動，或許改革所帶來的政治風險才是馬政府最大顧忌。未來新政府若要推動對地補貼除了針對價格風險、補貼對象、農業結構、補貼上限、基礎資料建立等，事前需要有完善的配套與農民充分對話溝通外，更應根據我國產業及市場實際情況制定多元配套機制包括：農業申報機制、農業保險、綠色給付、農業會計制度…等，才能真正達到保障農民所得並確保糧食生產功效，也是台灣加入TPP的必要作為。
