今天(7月1號)開始，小琉球實施新制，包含搭船要出示證件實名制，以及知名的景點蛤板灣潮間帶，要加收保育費60元，不過其實是只有進入保育區的民眾才需要額外付費，如果遊客只在沙灘踏浪，就可以免收60元。
小琉球新制度實施首日，遊客在登船時需出示證件進行身分核對，船票上不僅標示性別，還有身分證字號。部分船公司會完整顯示個人資訊，也有公司選擇將部分號碼去識別化。雖然以往購票時就需出示身分證件，但新制要求上船前再次核對身分。對此，許多民眾表示理解，認為這樣的措施有助於維持秩序。
除了搭船實名制外，小琉球同時推出蛤板灣潮間帶保育費收費制度。潮間帶解說員強調，只有進入紅黃區警戒區的遊客才需支付60元保育費，一般在沙灘活動的遊客則不收費。進入保育區的遊客需在超商購票，完成表格登記後，由解說員帶領下水，採取團進團出的方式管理。
對於新收費制度，有遊客表示支持，認為這是愛護環境的必要措施，政府需要經費來維護生態環境，而且收費金額不高且沒有限制遊玩時間。然而，附近攤商則擔憂新制度可能會對人潮造成一定影響。
屏東縣府為了恢復小琉球的生態環境，除了實施保育費制度外，還增設禁止進入龍蝦洞核心區的規定，並將所有海膽列入保育對象。這些措施主要是因應小琉球每年超過100萬的觀光人潮所造成的生態負荷，希望通過使用者付費原則，控管人數，減少遊客踩踏對生態造成的破壞，讓這片美麗的碧海藍天能夠永續發展。
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