行政院統刪地方一般性補助款引發地方政府強烈反彈，目前已有13個縣市提出訴願，要求撤銷相關決定。行政院發言人李慧芝19日在院會後記者會表示，提出訴願的縣市包括台北市、宜蘭縣、花蓮縣、嘉義市、彰化縣、台東縣、連江縣、南投縣、新竹縣、雲林縣、台中市、新竹市及基隆市。
對於地方政府提出的訴願案，政務委員林明昕表示，整個程序將依據「訴願法」進行，由專家組成的訴願委員會進行審查。他強調，行政院基本上不會介入審查過程，將靜待訴願審議委員會對案件的受理與審議結果，再據以做出相應處理。
針對解決爭議的可能方案，李慧芝指出，台南市副市長葉澤山在院會中曾提出追加預算的建議，此提議已獲得高雄市長陳其邁、台南市長黃偉哲、嘉義縣長翁章梁、屏東縣長周春米、澎湖縣長陳光復等人支持。不過，她也強調，追加預算案要順利通過立法院審查，仍需要更多地方政府與區域立委的支持，目前行政院正在蒐集各地方政府的意見。
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