台北市長柯文哲7日晚間接受中廣董事長趙少康專訪時，指中央流行疫情指揮中心在環南市場「設局」召開記者會，中央流行疫情指揮中心今天(8日)說明，針對台北市環南市場進行大規模PCR篩檢且41人呈現陽性，顯示有群聚感染疫情，指揮中心於7月2日11時30分前往環南市場現場召開記者會，並宣布與台北市政府共同成立聯合前進指揮所。當天指揮官陳時中於9時45分致電台北市副市長黃珊珊，黃珊珊將電話轉交柯文哲，陳時中與柯文哲直接通話，雙方對成立聯合前進指揮所達成共識，並在環南市場現場召開記者會。
指揮中心指出，當日農委會主委陳吉仲於10時多左右親自打了2通電話給黃珊珊，並於第二通電話中明確告知他與陳時中、經濟部長王美花將至環南市場召開記者會，並邀請黃珊珊出席，黃珊珊則表示柯文哲也會出席。因此，當日便依照指揮中心記者會程序發布採訪通知；指揮中心幕僚抵達環南市場後，也與台北市市場處確認記者會場地、流程及雙方出席人員，同時與現場媒體溝通說明記者會流程及預定出席人員。當日11時01分，台北市府發言人陳智菡於台北市府群組發布採訪通知，說明柯文哲、黃珊珊皆會出席記者會；11時20分柯文哲、黃珊珊抵達環南市場。
指揮中心強調，為儘快有效控制疫情，因此召開記者會說明防疫作為及因應措施，以利相關市場攤商、工作人員及周邊住民了解需配合事項，並無「以開會名義設局召開記者會」一事。
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