南投縣疫苗開打時間，與眾不同，衛生局公告，6月15日上午9點開放電話預約、16日才開打，但衛生福利部立南投醫院，卻被發現，提前在15日的凌晨12點開放網路預約，比電話預約硬是提早了9個小時，被民眾怒批黑箱偷跑，院方澄清說，是因為電腦沒做好設定，造成誤會。
6月16日上午9點一到，南投縣衛生局，針對75歲以上的長者，施打疫苗，這一波，中央配發1.8萬劑AZ疫苗，衛生局規劃49處合約接種醫療院所進行施打，採取「長者不動、工作人員移動」的方式辦理，打完疫苗的長者，休息15分鐘後，即可返家。
正當其他縣市15日開打疫苗時，南投只開放電話預約，16日上午9點才開打，但衛生福利部立南投醫院卻被發現，硬是提早了9個小時，從15日凌晨12點一到，就開放民眾上網預約，導致350劑的名額，被快速掃光，民眾怒批，根本是「黑箱偷跑」。
南投醫院副院長洪世昌說，「科室的協調，跟連假期間的溝通，或許有需要再加強的部分，造成民眾的不便，深表歉意。」南投縣衛生局也PO出圖表，打臉南投醫院。上頭明確標示，15日上午9點，開放民眾打電話預約，一共有48處接種站都乖乖照做，唯獨衛生福利部立南投醫院「半夜先偷跑」，也被民眾罵翻，質疑是不是「好心肝診所翻版」。
南投縣長林明溱表示，「吃力不討好啦，拜託我們這些鄉親，不要罵縣長啦。」疫苗還沒開打，就先造成混亂，不但電話老是打不通，還被發現有醫院偷跑情事，南投縣長林明溱已經在15日第一時間向縣民道歉，說下次會改為分齡造冊，逐一通知。
（民視新聞／張家維 南投報導）
