1988年1月13日,前總統蔣經國辭世,李登輝當天晚上就在總統府內完成總統宣示,從那一刻起,他一肩扛起改革台灣的重大責任,1990年連任總統後,李登輝面臨第一項挑戰。
野百合學運7天抗爭,李登輝同意召開國是會議,取得外部力量、得以加速改革,此後,他開啟一連串憲改工作,1991年3月,由行政院通過國統綱領法,4月國民大會通過,廢止動員戡亂時期臨時條款。不久後,又廢除萬年國代,1991年全面改選、隔年進行立委改選。1992年更推動修憲,總統從原來由國大代表間接選舉,改為人民直接選舉。
1995年,李登輝前往美國母校康乃爾大學,發表「民之所欲,長在我心」公開演說,首度提出中華民國在台灣的國家定位,更提出戒急用忍政策,李登輝動作頻頻,引來中國文攻武嚇,卻也成為他最佳助選員。
1996年,李登輝以54%高得票率,獲選台灣第一任民選總統。在他任內推動六次憲改、國會全面改選、省長直選、總統直選,1999年進一步定調兩岸關係,李登輝曾提到:「兩岸之間的關係,應該是一個特例的關係,特殊國與國的關係。」